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El Imperio de Britannia ha invadido Japón, transformándolo en el Área 11, donde sus habitantes son conocidos como los 'onceavos'. Lelouch, un británico que creció en Japón, le promete a su amigo Suzaku que se encargará de destruir Britannia. Años después, mientras Lelouch asiste a la escuela, suele faltar a clases para jugar al ajedrez por dinero, en un estilo que recuerda al póker. Un día, un avión derribado cae justo ante él. Este avión ha sido secuestrado por terroristas onceavos que buscan un secreto militar que transporta. Lelouch se aventura a investigar en el interior del avión, pero es capturado por las fuerzas británicas. Sin embargo, uno de los soldados, Suzaku, se interpone para protegerlo y recibe un disparo en el proceso. En ese momento, se revela que el 'secreto militar' es nada menos que una misteriosa chica. Sorprendentemente, ella despierta en Lelouch una habilidad extraordinaria: la capacidad de imponer su voluntad a los demás. Con este nuevo poder, Lelouch escapa y decide liderar a los terroristas en su lucha contra las fuerzas británicas, adoptando el alias de 'Zero'. Paralelamente, Suzaku se convierte en el piloto de un nuevo modelo de Knightmare, el Lancelot, que está siendo probado por los británicos.